マングローブ林を構成する植物は世界で70〜100種程度あり、主要な樹木の多くがヒルギ科、クマツヅラ科、マヤプシキ科（ハマザクロ科）の3科に属する種である。
日本国内で、マングローブ林にのみ分布が限定される種は、メヒルギ（ヒルギ科）、オヒルギ（ヒルギ科）、ヤエヤマヒルギ（ヒルギ科）、マヤプシキ（マヤプシキ科）、ヒルギダマシ（ヒルギダマシ科）、ヒルギモドキ（シクンシ科）及びニッパヤシ（ヤシ科）の4科7種である。
これらは、マングローブ林の主要な構成種であり、分類学的にも近縁の群からかけ離れている。
上記の種に付随して、サキシマスオウノキ、シマシラキ、テリハボク、サガリバナ、リュウキュウキョウチクトウ等の樹木が生育する他、シイノキカズラなど特有のつる植物や草本をともなう場合がある。
