日本では、九州南端の鹿児島県喜入町（現：鹿児島市）にあるメヒルギ群落がマングローブの北限であり特別天然記念物にも指定されている（喜入のリュウキュウコウガイ産地）。しかし、江戸時代に移植されたとの説もあり、自然分布での北限は種子島であると考えられている。それ以北では、ハマボウの群落が時にマングローブに似た様子を見せるが、ほとんど広がりをもたない。また、伊豆半島等でメヒルギが植樹されたこともある。
奄美大島はオヒルギとメヒルギは生育している。住用川と役勝川の河口が住用村マングローブ国定公園特別保護地区として保護されている。
沖縄本島では、オヒルギ、メヒルギ、ヤエヤマヒルギ、ヒルギモドキの4種が生育しており、このうちヒルギモドキは島北部の億首川の河口にしか見られない。オヒルギとヒルギモドキについては、沖縄島が北限である。その他に、島北部の慶佐次、南部の漫湖等でマングローブ林が発達している。
宮古島では、オヒルギ、メヒルギ、ヤエヤマヒルギ、ヒルギダマシが生育しており、このうちヒルギダマシは宮古島が北限である。島北部の島尻にマングローブ林がある。
石垣島では、オヒルギ、メヒルギ、ヤエヤマヒルギ、ヒルギダマシ、ヒルギモドキ、マヤプシキの6種が生育しており、このうちマヤプシキは石垣島が北限である。島内では宮良川河口のマングローブが最も広く、宮良川のヒルギ林として国指定天然記念物となっている。
西表島では、上述のマングローブ植物7種が全て生育しており、仲間川や浦内川の河口に広大なマングローブ林が発達している。特に仲間川のマングローブ林は、仲間川天然保護区域に指定されている。
